第一步: Bioproject注册所测序基因组信息获取 Locus tag (Bioproject网址:https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/bioproject/)
第二步:草图基因组提交所需文件 (序列文件和模版文件)
1,序列文件(.fsa):fasta裸序列,格式如下:可以用Excel编辑
>contig133 [organism=Sinorhizobium sp. GL2] [strain=GL2] [isolation-source=soil sample from arsenic pollution region] [country=China:HN] [collection_date=2008] [gcode=11]
TGTGAGTGCCCTTCTGGTGTTCATGCTGGATTGGTGTTGCCTGACCGCGCATCACCGGAC
>contig141 [organism=Sinorhizobium sp. GL2] [strain=GL2] [isolation-source=soil sample from arsenic pollution region] [country=China:HN] [collection_date=2008] [gcode=11]
CCTTCCGCGATCGCGAGCTGCCCGACTATAGCGGTTACTTCCCGACCGTTGCTGACGATA
2,模版文件(. template) :记录序列提交相关信息,如作者,提交单位等等。用sequin生成
第三步:生成提交文件sqn文件 (NCBI提交平台:https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/wgs/)
利用NCBI提供的tbl2asn脚本,将上述的.fsa和. Template合并成sqn文件
收录细菌基因组的sci杂志:(2013最新sci期刊影响因子详见http://www.microbialgenomic.cn/2013_SCI_impactor_factor.html)
专业生物信息学杂志:
Bioinformatic, Briefings in bioinformatics, plos computational biology, BMC bioinformatic, Nucleic Acids Research (倾向于专业的算法设计,实用的编程软件为主);
非专业生物信息学杂志:
Genome biology, genome research, Plos genetic, Plos one, JB, AEM, AMB, BMC genomics, BMC mcirobial, BMC evolutionary biology, Standards in Genomic Sciences. |