微生物基因组分析培训讲义

第一块 基因组NCBI提交及注释（新版）

1. Contig序列处理及提交程序
2. 基因组图绘制（草图）

第二块 常规linux操作命令及注意事项

1. Blast 本地化操作（基因组分析基本项，广泛应用）
2. Linux软件安装（命令操作，远远复杂于windows的双击安装）
3. Bio-linux 集成软件使用（该系统由牛津大学环境资源系开发，已经预安装了超过500多种常规生物信息学软件）
4. 经典基因组比较软件介绍及使用

第三块 细菌基因组分析常规分析项：

• 基因组进化树
  利用核心蛋白质做进化树（最常见）
  利用SNP做进化树
  利用元基因组做进化树（基因的有和无）
  
• 蛋白质内容分析
  Pan/core-genome (基因组分析重点，用于基因组多样性，亲缘关系)
  Specific-gene (菌株独特基因，重点关注)
  
• 蛋白质功能分析
  COG分类（可以比较不同基因组的蛋白质功能类别）
  GO分析（同上）
  KEGG

第四块 基因组特征比较分析

• 移动元件分析 （可能携带重要特征基因如抗性，致病性，特异代谢基因簇）
  Insertion sequence （IS）
  Prophage
  Genome island
• 免疫元件分析（CRISPR）
• 基因组结构分析（共线性分析）
  检测可能的水平基因转移（重点）
  从基因组共线性角度研究菌株与菌株之间的亲缘关系
• 基因组核苷酸多态性分析（SNP）（用于基因组多样性，遗传距离等进化分析）

第五块：细菌基因组分析文章案例：

1. The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110. BMC Genomics 2012; 13:112.
2. Genomic characterization of the Yersinia genus. Genome Biology2010, 4;11(1)
3. Genomic Characterization of the Taylorella Genus. PLoS ONE 2012; 7(1): e29953. ?
4. Comparative genomics of plant-associated Pseudomonas spp.: insights into diversity and inheritance of traits involved in multitrophic interactions PLoS Genet. 2012;8(7):e1002784.
5. Genome sequence analyses of Pseudomonas savastanoi pv. glycinea and subtractive hybridization-based comparative genomics with nine pseudomonads. PLoS One. 2011;6(1):e16451.